São  Francisco do Maranhão fica as margens do rio Parnaiba, tendo na outra margem a cidade de Amarante do Piaui.

 Em tempos remotos, São Francisco do Maranhão era uma área de densas matas ás margens do rio Parnaiba, conhecida como Porto Riachuelo, datando de 1700 as primeiros entradas, em seu territorio. Anos mais tarde lá se estabeleceram Eugênio Marques de Holanda e José Egidio Soares, dedicando-se esses pioneiros a agricultura e a pecuaria. Em 1860, o povoado por eles fundado ja apresentava condições para pleitear suas autonomia politica e administrativa, oque levou José Egídio Soares, Francisco Rodrigues Filho e os irmãos joão Afonso, e Pedro Afonso Fonseca a fazer doação de terras para constituição do patrimonio da vila de São Francisco, tornou-se vila no dia 14 de julho de 1870, pela lei provincial N° 902. Em 10 de maio de 1924 foi elevado a categoria de cidade e sede de municípios, com nome de São Francisco do Maranhão, pela lei N° 1179, em 30 de dezembro, passou a chamar-se iguaratinga, de acordo com o decreto-lei N° 820, de 30 de dezembro de 1943, que reformulou a divisão administrativa e judiciario do estado. Incomformados, seus habitantes lutaram para que o antigo nome fosse restaurado, sendo atendidos com a edição da lei N° 203, de 17 de dezembro de 1948, voutou a se chamar São Francisco do Maranhão.